Avant les grands travaux opérés par le syndicat en 1960 le bassin versant et notamment le val était sujet aux inondations. Les terres du val étaient gorgées d’eau la plupart du temps et les récoltes bien souvent perdues.
Les communes se sont alors regroupées afin de créer le Syndicat Intercommunal d’Assainissement du Bassin de la Bonnée et ainsi répondre à l’enjeu agricole. L’objectif annoncé était d’assainir le val afin de permettre à l’agriculture moderne de se développer.
En 1953 est crée, le Syndicat Intercommunal du Bassin de la Bonnée regroupant 8 communes du bassin versant : St Benoît sur Loire, Bray en Val, St Martin d’Abbat, Germigny des Prés, St Aignan des Gués, Les Bordes, Bonnée et St Père sur Loire. Le syndicat lance une étude afin de répondre aux enjeux agricoles et à la problématique des fréquentes inondations.
La solution trouvée fut de recalibrer les cours d’eau, c'est à dire les creuser, les élargir et modifier leur tracé afin d’empêcher les inondations.
Une partie de l'eau de la Bonnée fut détournée, à partir de Saint Aignan des Gués, la Nouvelle Bonnée fut creusée sur le tracé du ruisseau des Arpents. Le tracé de la Bonnée privé d'eau une partie de l'année fut nommée Ancienne Bonnée. Les deux rivières se rejoignent désormais quelques mètres en aval du pont de la D60 (Germigny-Châteauneuf/L).
La Nouvelle Bonnée ainsi crée est un cours d'eau large aux berges abruptes. Conscient que la lame d'eau serait faible en été (période d'étiage), le syndicat fit installer 10 barrages sur la Bonnée permettant de maintenir la ligne d’eau élevée et ainsi empêcher le développement de la végétation dans le fond de la rivière. Dans les années 70, les agriculteurs profitèrent de cette masse d’eau pour irriguer les cultures.
Ces grands travaux sur la Bonnée et ses affluents sont mis en œuvre de 1960 à 1970.
Au cours des années 80 jusqu’en 2005, les travaux furent moins fréquents et moins conséquents. L'entretien de la végétation est réalisé chaque année avec un broyage des berges parfois à nues. La vase accumulée au fond du lit de la rivière en raison d'une vitesse de courants faibles une majeure partie de l'année est retiré par des curages parfois drastiques.
Jusqu'en 2005, le syndicat a répondu à son objectif premier, le val ne connaît plus d’inondations fréquentes sur la Bonnée et ses affluents. Néanmoins tous ces travaux ont fortement modifié les cours d’eau et le bassin versant.
Le type d'entretien exercé durant des années n'a pas permis à la végétation de s’installer et de consolider les berges, le profil du lit mineur surdimensionné à fortement contribué à l'envasement des cours d'eau. La Bonnée et ses affluents sont devenus des milieux aquatiques dégradés au fonctionnement artificiel et déséquilibré.
Sous l'impulsion des nouvelles politiques notamment européennes (Directive Cadre sur l'eau). Dès 2008, le syndicat a l'opportunité de mettre en œuvre un premier Contrat Restauration Entretien sur son bassin versant. Ce contrat signé avec l'Agence de l'Eau Loire Bretagne est un programme établit sur 5 ans afin de mettre en œuvre des actions visant à retrouver un bon état de la qualité de l'eau et des milieux aquatiques.
Les principales actions menées lors de ce contrat 2008-2012 sont la création d'un poste de technicien de rivière à plein temps. L'exécution d'un entretien différencié de la végétation des berges, la pose de clôtures le long de prairies pâturées et l’installation de pompe à nez pour le bétail.
Sur cette lancée, un deuxième Contrat territorial Milieux Aquatiques se met en place de 2013 à 2017, au cours de celui-ci, les barrages (désormais inutiles pour l'irrigation) sont retirés, l'Ancienne Bonnée déconnectée dans les années 60 est réalimentée de façon permanente. Le lit mineur de la Nouvelle Bonnée est resserré à l'aide de banquettes empierrées de manière à accélérer les vitesses d'écoulements en période d'étiage. L'entretien de la ripisylve a lieu avec un passage tous les deux ans.
En 2021, un troisième Contrat territorial Milieux Aquatiques est lancé pour la période 2021-2023. Suite à un bilan des actions menées au cours de ces trois années, il sera prolongé pour 3 années supplémentaires.
Ancien barrage sur
la Nouvelle Bonnée :
Lauche
Ancien barrage sur la Bonnée :
La croix Claireau
1944 : Etude d’un projet de remise en état de la rivière La Bonnée depuis le moulin
de Ravoir (commune d’Ouzouer sur Loire) jusqu'à son confluent avec la Loire.
Etude réalisée par le service du Génie rural.
23 mars 1950 : Réunion (en mairie de St AIGNAN) des Maires des communes concernées
convoqués par M. le Préfet, aux fins d’examiner les dispositions techniques
et financières qui permettraient l’exécution d’un aménagement général de
la rivière.
1ére solution : aménagement du cours actuel de la Bonnée : coût 28 millions de francs.
2 ème solution : établissement d’une déviation qui emprunterait le tracé du ruisseau des «Arpents »: Coût 25 millions de francs.
Il est précisé aux Maires que conformément aux dispositions du décret-lois du 30 octobre 1935, les communes avaient la possibilité soit isolément soit groupées en Syndicat Intercommunal de se substituer aux riverains pour exécuter les travaux de cette nature puisque ceux-ci avaient pour but le développement et la conservation de la production agricole.
A l’issue de cette réunion seules les communes de St AIGNAN DES GUES et St BENOIT SUR LOIRE, les plus atteintes par les dégâts de la rivière, adressèrent leurs adhésions.
1951 : suite à de nouvelles interventions, la Préfecture parvint à recueillir l’adhésion
au projet de Syndicat Intercommunal des communes de GERMIGNY DES PRES,
BONNEE, BRAY EN VAL, SAINT AIGNAN DES GUES et SAINT BENOIT SUR LOIRE.
Les communes de LES BORDES et SAINT MARTIN D’ABBAT refusent les engagements nécessaires, malgré une nouvelle intervention le 6 décembre 1951.
Suite à une réunion tenue dans le bureau de M. le secrétaire Général, entre le Maire de St Martin d’Abbat, l’Ingénieur en chef du Génie Rural et le chef du service compétant de la Préfecture, le Conseil Municipal de la commune précitée a accepté de donner son adhésion au Syndicat.
Les communes de Saint Père sur Loire et de Les Bordes ont rejoins le syndicat temps plus tard.
16 septembre 1953 : La commission Départementale émet un avis favorable à la création du Syndicat Intercommunal d’Etudes.